Към състоянието на въздуха в инкубаторите се предявяват големи изисквания, тъй като може да бъде източник на инфекции за пилетата. Затова са разработени режими и технология на пречистване и обеззаразяване на въздуха в помещенията чрез механични филтри и бактерицидни УВ-устройства, които се препоръчват за практиката.