Японският пъдпъдък се класифицира на див и домашен. Равнището на генетично вариране и степента на генетично диференциране са по-високи при дивите. Одомашняването не е причинило драстични промени в генома им заради неголямата му продължителност. Птиците са подходящи за експерименти, за разчитане механизма на инбредна депресия и като индикатор за контрол на околната среда.