Риск за замърсяване на млякото с патогенни микроорганизми съществува от момента на доенето. Особено опасен е маститът. Млякото от заразени крави има влошени качества. В статията се посочват някои от причините - спорообразуващи микроорганизми, психротрофна микрофлора, механични замърсители от външната среда и др.