Тютюневият разсад се напада от заразни и незаразни болести. Към заразните болести, които са резултат от инфекциозни причинители от различно естество, спадат черно кореново гниене, мана, кафяви листни петна и див огън. Към незаразните болести, които се дължат в резултат на неблагоприятни агроекологични условия или други абиотични фактори, спадат повреди от засушаване, от пестициди, нарушен водно-въздушен режим и зелена плесен. За всички болести има поотделно дадена информация в статията.