При диагностика на почвата и процесите в нея широко се използват биохимичните, микробиологичните, ботаническите и зоологическите показатели за състоянието на почвата. Биологичните методи на диагностика се базират на разнообразието на видове, жизнени форми и физиологични функции на почвената биосфера.