Качеството на млякото, отнасящо се до хигиената, се влияе от патогенни микроорганизми, остатъци, замърсители и странични миризми. Разглежда се общия брой микроорганизми в млякото, развитието и активността на сапрофитните бактерии, източниците на замърсяване.